相較于傳統的沉淀技術或者氣浮技術，磁沉淀技術的優勢主要在于沉降效率高、反應時間短、占地面積小、出水水質穩定、波動適應性強、自動化和集成化程度高、便于移動運輸。

        磁沉淀技術的表面負荷可高達40m3/（㎡.h），目前工程應用中磁沉淀設計負荷普遍設計在（8-14）m3/（㎡.h），佛山能磁環境科技有限公司某工業廢水工程項目設計的表面負荷達到20m3/（㎡.h）并得到長期的工程應用證明。常規的沉淀技術表面負荷一般在(0.5-3）m3/（㎡.h），氣浮工藝則在(1.0-5）m3/（㎡.h），可以看出磁沉淀技術的沉降表面負荷具有明顯的優勢。

        磁沉淀反應系統的反應時間一般在6-10分鐘，時間明顯段，反應效率高；由于反應時間和沉降負荷高，所以整個磁沉淀系統占地面積明顯縮小，佛山能磁環境科技有限公司某2萬噸的磁沉淀系統，總占地面積為160㎡，約為同規模氣浮工藝的1/3。

        磁沉淀系統由于采用了大回流工藝，因此系統的波動適應性顯著提升，出水水質穩定。

        磁沉淀系統占地面積小，設備多，自動化和集成化程度顯著高于常規沉淀或氣浮工藝。